Unul dintre acuzați, Abdulrahman El Bahnasawy, a fost arestat după ce a călătorit din Canada spre New York în mai 2016 pentru a plănui un atac.
Arestarea cetățeanului canadian a avut loc în urma unei investigații în care a fost implicat un polițist sub acoperire al FBI-ului ce pretindea a fi un extremist islamist. Misiunea sub acoperire a dus în 2016 de asemenea la arestarea cetățenilor americani Talha Haroon în Pakistan și a lui Russel Salic în Filipine.
El Bahnasawy, în vârstă de 19 ani, i-ar fi trimis polițistului sub acoperire prin intermediului telefonului mobil o imagine cu Times Square spunând: „Trebuie să bombardăm Times Sqaure. Uită-te la mulțimile de oameni”. Într-un alt mesaj, canadianul și-a exprimat dorința de a „întreprinde un atac armat pentru că în cadrul acestora mor foarte mulți oameni”.
Haroon, care la un moment dat s-a întâlnit cu un expert în explozibile în Pakistan pentru a căpăta informații despre construirea bombelor artizanale, i-a mărurisit ofițerului sub acoperire că „stațiile de metrou reprezintă un loc perfect pentru un atac armat, iar după ce atacatorii rămân fără gloanțe cei doi s-ar putea detona”. El ar fi trimis de asemenea polițistului sub acoperire materialele necesare pentru construirea unor explozibili.
Haroon ar fi mărturisit că s-ar fi alăturat SI în Siria. Salic, în vârstă de 37 de ani, este acuzat că ar fi trimis bani pentru finanțarea atacurilor.