Charlie Hebdo a mai publicat, în septembrie 2012, o serie de caricaturi în care apărea un personaj ce semăna cu profetul Mahomed. Deși numele profetului nu era scris explicit, imaginile făceau clar referire la acesta și au stârnit furia islamiștilor, care au lansat numeroase amenințări cu moartea la adresa jurnaliștilor de la Charlie Hebdo.
Jurnalistul Laurent Leger de la Charlie Hebdo spunea la vremea respectivă că revista nu a intenționat niciun moment să provoace furie. „Scopul este să râdem. Vrem să râdem de extremiști, fie ei musulmani, evrei, catolici. Orocine poate să fie o persoană religioasă, dar nu putem accepta gândurile și actele extremiste”. Leger a apărat revista, spunând că avea dreptul să publice caricaturile și că nu este responsabilă pentru reacțiile care au urmat.
„În franța, avem întotdeauna dreptul de a scrie și desena. Și, dacă unii oameni nu sunt încântați de asta, ne pot da în judecată, iar noi ne putem apăra. Aceasta este democrația.Nu arunci bombe, discuți și dezbați. Dar nu acționezi violent. Trebuie să rezistăm presiunii extremismului”, spunea Leger.
Coperta din 2011 care a provocat furia islamiștilor
Caricaturile publicate de săptămânal în 2012, au venit la puțin timp după ce pe internet a apărut un film anti-islam, care a venit la puțin timp după apariția pe internet a unui film anti-islam, „Inocența musulmanilor”, în urma căruia extremiștii islamiști au atacat mai multe ambasade SUA. Având în vedere aceste incidente, statul francez a decis, după publicarea caricaturilor, sporirea măsurilor de securitate la ambasadele și consulatele sale și, de asemenea, închiderea ambasadelor și consulatelor din 20 de țări islamici. Pentru prvenirea incidentelor, sediul Charlie Hebdo a fost păzit atunci de polițiști.