În 1943, Knoller avea 22 de ani. A reușit să facă rost de acte false și să-și găsească de lucru în Parisul ocupat de forțele germane, transmite BBC. Pe când lucra în „ Cartierul roșu”, a fost interceptat de doi ofițeri ai Gestapo, temuta poliție secretă nazistă.
Freddie a fost dus la cartierul general al organizației și supus unui interogatoriu. În biroul în care s-a desfășurat interogatoriul pe o masă se afla, potrivit lui Knoller, un cap de om plastificat. „Este capul unui evreu, deoarece am fost învățați să recunoaștem evreii după structura capului”, i-a spus ofițerul Gestapo lui Knoller, când a văzut că atenția acestuia a fost atrasă de obiectul sinistru.
Din fericire pentru tânăr, poliția secretă nu l-a abordat deoarece l-ar fi suspectat că era evreu, ci pentru a-i face o ofertă. „Văd că ai origini germane bune și cred că ar trebui să ni te alături ca traducător”, i-a spus ofițerul, care i-a promis că va câștiga o mulțime de bani și că va avea, în sfârșit, șansa să lucrezei pentru „ai lui”. Knoller nu avea nicio intenție să accepte postul. A promis că va accepta oferta, dar imediat după ce a plecat din sediul Gestapo a apelat la un prieten cu ajutorul căruia a fost pus în legătură cu Rezistența Franceză.
A mers să trăiască în munții de lângă orașul Figeac, luptând cu nemții. „A fost o mare bucurie pentru mine să lupt cu dușmanii în loc să câștig bani de la ei”, spune Knoller.
Pe când se afla în Rezistență, Freddie Knoller s-a îndrăgostit de o tânără din zonă. După ce s-au certat, aceasta l-a dat pe mâna Jandarmilor, care, ulterior l-au torturat și după ce i-au aflat adevărata identitate l-au predat pe tânăr ofițerilor Gestapo în septembrie 1943.
Knoller a fost trimis în lagărul de la Auschwitz, unde a stat până în apropiere de finalul războiului. Când trupele rusești s-au apropiat de lagăr, prizonierii au fost trimiși într-un „marș al morții” spre orașul Gleiwitz, aflat la o distanță de 50 de km. Cei care nu au murit de frig sau nu au fost uciși pe drum au fost încărcați în trenuri și duși în lagărul Bergen-Belsen din nordul Germaniei. De acolo, Knoller a fost eliberat de trupele britanice pe 15 aprilie 1945.