Întrebat de jurnaliști dacă a discutat cu Mihai Răzvan Ungureanu despre motivele demisiei sale, Iohannis a răspuns că îl așteaptă „în continuare”.
„O să vorbim, o să lămurim”, a adăugat Iohannis.
Mihai Răzvan Ungureanu și-a dat demisia de la conducerea SIE pe 26 septembrie. Adjunctul său, generalul Silviu Predoiu, a preluat interimatul.
Președintele Klaus Iohannis declara, la acel moment, că o propunere pentru șefia SIE va fi făcută după alegerile parlamentare, întrucât Parlamentul va fi foarte ocupat cu alegerile, iar situația nu este una care să necesite o intervenție urgentă din partea Legislativului. Întrebat, atunci, despre speculațiile referitoare la neînțelegerile dintre el și Ungureanu, președintele a răspuns că a lucrat foarte bine cu acesta și că „zona spionilor este întotdeauna foarte interesantă” și naște povești dintre cele mai diverse.
„Vă amintiți că eu l-am propus la conducerea SIE. Acum, a demisionat din motive pe care o să le aflu și eu probabil atunci când vom avea ocazia să discutăm în liniște. Nu au fost astfel de situații. Eu am primit demisia astăzi la prânz. Înțeleg că are o situație medicală care nu i-a permis să vină personal la Cotroceni, dar vom lămuri urgent, imediat ce se face bine, această chestiune”, spunea, la acel moment, șeful statului.
Mihai Răzvan Ungureanu a fost numit pentru a doua oară director al SIE în iunie 2015 din poziția de consilier personal al președintelui Klaus Iohannis și, totodată senator. Propus de președintele Klaus Iohannis pentru un nou mandat la SIE, MRU a fost votat pe 30 iunie de 278 de parlamentari. Șase senatori și deputați au votat împotrivă. În total, 284 de voturi, un număr la limită, având în vedere că erau necesare voturile a minimum 278 de parlamentari.
În iunie 2016, în urma unor speculații referitoare la un conflict între Mihai Răzvan Ungureanu și președintele Klaus Iohannis, SIE preciza că „nu există niciun fel de sincopă sau de deficiență în relația dintre Serviciu și Președinte”. Președinția a precizat la acel moment că folosirea situației românului răpit în Burkina Fasso de către un cotidian central „pentru alimentarea unor speculații politice este iresponsabilă și inadmisibilă”, dezminținând că șeful statului ar fi refuzat să semneze un document SIE pentru eliberarea românului.
Administrația Prezidențială a infirmat astfel informațiile publicate, pe 23 iunie 2016, de Evenimentul Zilei, potrivit cărora între președintele Klaus Iohannis și directorul SIE, Mihai Răzvan Ungureanu, ar exista un conflict care a culminat cu un presupus refuz al șefului statului de a semna un „ordin executiv” prin care SIE ar fi putut să-l elibereze pe românul răpit în Burkina Fasso.
Un alt moment tensionat a fost cel privind relația dintre șeful SIE și procurorul-șef DNA. Procurorul șef al DNA, Codruța Kovesi, a declarat, pe 26 aprilie 2016, că de când se află la conducerea DNA „nu a primit nicio sesizare de la Serviciul de Informații Externe”, precizând „că este ilegal să deții informații referitoare la posibile infracțiuni și să nu sesizezi Direcția Națională Anticorupție.”
„SIE nu monitorizează cetățenii români aflați în străinătate, această practică fiind una specifică fostei Securități, așa cum nu monitorizează conturile și transferurile bancare, achizițiile imobiliare sau de altă natură efectuate de cetățenii români în străinătate”, a replicat SIE printr-un comunicat.