1. Sistemul digestiv. Numeroase persoane consumă cafea după masă, mai ales pentru proprietățile laxative ale acesteia, cofeina stimulând peristaltismul (motricitatea) intestinală, mai ales la nivelul colonului. Asupra colecistului („fierei”), efectul este contractil, cafeaua stimulând eliberarea de bilă la nivelul duodenului.
2. Sistemul nervos. Un consum de cel puțin trei cești de cafea pe zi duce la scăderea cu 56% a riscului de apariție a accidentelor vasculare cerebrale la persoanele sănătoase, previne apariția bolii Alzheimer, îmbunătățește procesele cognitive și memoria și întârzie apariția demenței. De asemenea, consumul de cafea ajută la recuperarea mai rapidă după o anestezie generală.
3. Activitatea fizică și performațele sportive sunt îmbunătățite de către consumul de cafea, aceasta crescând andurața la efort.
4. Consumul regulat de cafea are un rol anti-cancerigen în ceea ce privește carcinomul hepato-celular (cancerul de ficat), cancerul de colon, scade riscul de apariție al cancerului de prostată și al melanomului malign.
5. Efect anti-oxidant: cafeaua conține numeroase substanțe și acizi antioxidanți și polifenoli, aceștia fiind prezenți în cantitate mai mare în cafeaua verde.
6. Cafeaua potejează dinții de apariția paradontozei, având un rol antibacterian împotriva bacteriilor ce produc cariile dentare.
7. Cafeaua favorizează absorbția de calciu, scăzând astfel riscul de apariție a osteoporozei, mai ales la femeile la menopauză.
8. Consumul de cafea, contrar consumului de sucuri carbogazoase, reduce apariția calculilor renali („pietre la rinichi”).