Componența celor două serii din Liga a II-a este următoarea:
Seria I – Rapid București, FC Oțelul, FC Ceahlăul, CS Balotești, ACS Berceni, Farul Constanța, Gloria Buzău, ASC Bacău, Rapid CFR Suceava, FCM Dorohoi, FC Clinceni, Dacia Unirea Brăila, Bucovina Pojorâta, Dunărea Călărași;
Seria II – Gaz Metan Mediaș, FC Brașov, U Cluj, CS Mioveni, Metalul Reșița, Unirea Tărlungeni, Olimpia Satu Mare, CSM Râmnicu Vâlcea, FC Caransebeș, Șoimii Pâncota, FC Bihor Oradea, UTA Bătrâna Doamnă, FCM Baia Mare, Chindia Târgoviște.
Până la data de 29 iulie inclusiv, echipele care constată că nu pot participa în Liga a II-a au posibilitatea de a comunica acest lucru în scris către Departamentul de Competiții al FRF și vor fi înscrise în Liga a III-a.
Echipele clasate pe locurile 13 și 14 vor retrograda direct, apoi fiind organizat play-off și play-out, urmând ca din sezonul 2016-2017 Liga a II-a să fie organizată într-o serie cu 22 de echipe, iar din 2017-2018 Liga a II-a să fie organizată într-o serie cu 20 de echipe.
Comitetul Executiv al FRF a aprobat cererea clubului FCM Dorohoi de înscriere în Liga a II-a, deși oficialii grupării au depus documentele după expirarea termenului.
De asemenea, a fost aprobată schimbarea denumirii echipelor CF Brăila și Academica Argeș, care din acest sezon se vor numi ACS Dacia Unirea Brăila, respectiv FC Clinceni.
Comitetul Executiv al FRF a aprobat și componența nominală a seriilor din Liga a III-a. Cluburile din Liga a II-a care se retrag până la data de 29 iulie, vor fi incluse în seriile Ligii a III-a în conformitate cu criteriul geografic.